質(zhì)粒表達載體具有克隆載體的基本元件還具有轉(zhuǎn)錄/翻譯所必需的DNA順序的載體。天然存在的野生型質(zhì)粒由于分子量大、拷貝數(shù)低、單一酶切位點少、遺傳標記不理想等缺陷，不能滿足克隆載體的要求，因此往往需要以多種野生型質(zhì)粒為基礎(chǔ)進行人工構(gòu)建。

質(zhì)粒表達載體按進入受體細胞的類型可分為：
原核載體；真核載體；穿梭載體指在兩種宿主生物體內(nèi)復制的載體分子，因而可以運載目的基因（穿梭往返兩種生物之間）。穿梭質(zhì)粒含原核和真核生物2個復制子，以確保兩類細胞中都能擴增。

質(zhì)粒表達載體之質(zhì)粒的接合轉(zhuǎn)移方法：是細菌遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移的一個重要方式。在質(zhì)粒轉(zhuǎn)移過程中，供體菌和受體菌通過結(jié)合作用緊密接觸，質(zhì)粒從供體細胞向受體轉(zhuǎn)移，同時進行質(zhì)粒復制。按能否自主轉(zhuǎn)移，可以將天然存在的質(zhì)粒分為轉(zhuǎn)移型質(zhì)粒和非轉(zhuǎn)移型質(zhì)粒兩大類。這里要注意的是，獲得質(zhì)粒的細菌可隨之而獲得一些生物學特性，如耐藥性或產(chǎn)生細菌素的能力等。從環(huán)境友好出發(fā)，實驗室里的廢棄菌液，一定要滅過菌才能倒哦。

質(zhì)粒載體按功能可分為這些：
整合質(zhì)粒：裝有整合促進基因及位點 便于外源基因的整合。
探針質(zhì)粒：裝有報告基因 便于啟動子等元件的克隆篩選。
高拷貝質(zhì)粒：突變拷貝數(shù)控制基因 拷貝數(shù)1000-3000擴增基因。
低拷貝質(zhì)粒：來自pSC101 拷貝數(shù)小于10 表達某些毒性基因。
測序質(zhì)粒：含有測序通用引物互補序列和多酶接頭polylinker。
溫敏質(zhì)粒：在不同溫度下表現(xiàn)出拷貝數(shù)、整合等不同性質(zhì)。